影片的开场是一束束DNA,达克莱伊等神奇宝贝在疑似为氨基酸的泡泡中出现。画面切换到大海,盖欧卡和玛纳霏游过,然后洛奇亚从水里跃起,飞向高空,又俯冲回海中。急冻鸟、闪电鸟和火焰鸟从空中飞过,炎帝、水君和雷公在海边的山岩处伫立,固拉多咆哮的身影亦有出现。
一只烈咬陆鲨和一条美纳斯在一座竞技场中战斗,用各种招式相互攻击。对阵的训练家不是别人,正是希罗娜和DP战斗塔大君山棕!
一些草系神奇宝贝坐在一片草地上,一只夜黑魔人出现,用鬼火攻击皮卡丘。皮卡丘和圆企鹅对夜黑魔人展开还击,引起了爆炸。
帝牙卢卡和帕路奇牙的战斗在一段关于《决战时空之塔》的回忆中出现。在它们交战之时,一架用来显示迪亚鲁加、帕鲁奇亚、冥王龙、拉斯尤斯各自所在时空以及真实世界的仪器——时空仪剧烈震动起来。迪亚鲁加和帕鲁奇亚的时空相互碰撞,显示出它们的交锋。另一段回忆中出现了日食,拉斯尤斯的石板环绕在太阳周围,它的1000只触手伸向太空。镜头回到地面,神奇宝贝的标题从大地中升起。背景音是经改编过的《裂空的访问者》开场音乐。
影片开场。小智一行、皮卡丘和圆企鹅走过一大片草地。他们来到一条河边,决定下去游泳。在水中,他们看到有西瓜顺水流往下游漂。他们刚捡起一个西瓜来,便看见一个男孩和一个蓝发女孩将网撒到水里。原来他们在用这种方法让西瓜变凉,虽然有几个西瓜漏了出去。小智和平时一样向他们发起了2对2的挑战,这次是皮卡丘和圆企鹅对阵狩猎凤蝶和赫拉克罗斯。波加曼被赫拉克罗斯的大角顶到空中,狩猎凤蝶迎上去,一枚影子球蓄势待发。皮卡丘跳到半空中,将影子球打回到狩猎凤蝶脸上,随后圆企鹅用漩涡攻向对面的两只神奇宝贝,将它们击倒在地。战斗结束后大家一起吃了西瓜,然后小智一行离开。
接下来他们来到一座湖边。天空突然裂开,水流涌起形成一股龙卷风似的涡流,将除小刚以外的所有人卷了进去。小刚把小智和小光拉了出来,然而皮卡丘和圆企鹅却被涡流卷到高空,向天空的裂缝而去。西娜和凯文出现,看到了这一目。西娜开始祈祷,迪亚鲁加从自己的空间出现,将皮卡丘和圆企鹅从涡流中撞出来。小刚对西娜一见钟情,冲上去抓住西娜的手⋯⋯不对,那个其实是不良蛙的爪子,于是不良蛙又把他毒倒掉了。
冥王龙突然出现,用鬼火向迪亚鲁加发动袭击。两只神奇宝贝战斗了一段时间。西娜试图用她的心电感应力量与冥王龙沟通,但冥王龙在感应世界里回绝了西娜的调停并将她撞开,导致连接中断。小智走到冥王龙面前,问它是否还记得自己。冥王龙盯着小智看了一会儿,然后想起来自己在冰空的花束里载着小智飞的场面,于是暂停了对迪亚鲁加的攻击。西娜与两只神奇宝贝进行交流,消除了它们之间的矛盾。迪亚鲁加在空中转圈圈飞了一会儿,西娜说它对小智能阻挡住冥王龙的攻击非常惊讶。
另一个时空中,一条巨大的裂痕划破空间。现实世界里,又一轮的水之龙卷风形成。迪亚鲁加被涡流卷入无法脱身。帕鲁奇亚从自己的时空中出现,救出了迪亚鲁加。西娜再次与神奇宝贝们交流,安慰它们的受伤的情绪,两只神奇宝贝于是和好。三只龙系神奇宝贝离开,各自回到自己的时空之中。
小智一行人跟着西娜和凯文来到一个房间里。西娜向他们展示了时空仪,并解释哪一个球体代表着哪一个时空。她说自己和凯文在调查亚尔修斯的传说以及这个镇子的历史。帕鲁奇亚将阿拉莫斯镇恢复原状时,他们就在镇外。小零的飞船坠毁后,他们二人也曾来到那座冰山前。西娜还把命之宝玉拿出来给大家看,而站在门外的火箭队也一如既往地开始觊觎这块宝物。
突然,时空仪震动起来。代表拉斯尤斯所在时空的球体产生了剧烈的反应。太空中,拉斯尤斯正在开始苏醒,它冲破了包裹着自己的泡泡。11块石板环绕在它的身边,另外5块不知去向。拉斯尤斯将它们全部吸收进自己的身体里。
回到屋子里,西娜和凯文给小智他们看拉斯尤斯的传说,按照一定格式印在玻璃上的传说情节如幻灯片般出现在瀑布一样的展示屏上。传说讲述了达莫斯如何从拉斯尤斯处偷走生命之玉、生命之玉由拉斯尤斯的五块石板构成、达莫斯从拉斯尤斯处借得宝玉并使米琪那镇变得美丽起来等事情。
时空仪的震动变得更加激烈。外面的天空中,黑云聚集起来,一道金色的缝隙打开。拉斯尤斯很快从缝隙里出现,随即立刻发动了制裁攻击。制裁攻击的能量像烟花一样射向空中,又如雨点一般降落在米琪那。这堪称神奇宝贝历史上最暴力的一幕中,数以百计的光团轰炸了整个城市的每一个角落,处处都是崩塌瓦解的景象,场面相当壮烈。
拉斯尤斯俯瞰着一座神殿,看到达莫斯向它跑来。那并不是真正的达莫斯,但拉斯尤斯感觉到有一个类似于达莫斯的人正向它靠近。西娜跑出来,向亚尔修斯跑去,将生命之玉呈到它面前。拉斯尤斯平静了一些,走近来检查宝玉,而西娜则为终能将其物归原主而激动不已。火箭队在一旁争论