《忍者龟》新系列的故事发生在纽约曼哈顿，在热闹的市区的地下水道里，生活着主人公：四只少年忍者龟和一只六英尺高的老鼠——他们的老师斯普林特。某一天，作为人类的斯普林特不幸遭受了一种神奇绿色物质的辐射，变异成了一只老鼠，而他随身携带的四只宠物龟也开始向他们接触最多的物种——人类“进化”。斯普林特因为害怕人类迫害，带着四只乌龟转移到了地下生活将他们抚养长大，并训练他们成为忍者。多年以后，四只乌龟：莱昂纳多、多纳泰罗、拉斐尔和米开朗基罗成长为强壮的少年，开始对外面的世界充满好奇。