故事讲述女主角哀川巧克丽，是一位巧克力职人，她独自开了一间魔法巧克力专门店「巧克力 闇黑」。「巧克力 闇黑」除了是一间卖巧克力的地方，这里还有一个秘密——若前来光顾的人为了生活、人际关系、恋爱或公钱等的问题出现烦恼，巧克丽都可以用魔法帮他们达成他们的愿望，只要他们能够付出相应的代价... 在故事中，求助的人既要尝到达成愿望时的「甜美」，也要体验付出代价的「苦涩」，达成愿望到底要付出什么代价，他们的命运又合如何，这些的谜题都成了「魔法巧克力专门店」充满神秘感的地方。