人类在火星上发现了史前文明以及超科学的能源，这些被称为「ALDNOAH」。某天，来自火星的「骑士」从天而降。这些钢铁巨人有着明确的来意——歼灭地球上的所有人类。移居至火星的人类与地球上的人类，两个阵营间的战争就此展开。被卷入战争的少年少女们将何去何从……