名侦探柯南：一封谜一般的恐吓信突然寄到了朝仓都知事手中……次日在知事亲临剪彩现场的新地铁隧道中发生了爆炸！千钧一发之际，多亏了得知恐吓信之事的柯南，才避免了人员伤亡，但未能取知事姓名的犯人恐怕不会就此罢手。柯南调查了这位朝仓知事的背景后，推测出其在任国土交通大臣期间建造水坝的相关者中有人仍怀恨在心，便从这方面入手开始搜查。