《开心超人联盟之英雄归来》动画延续了上一部的故事展开，一起意外，使超人们通过时光机回到了过去的宅家，他们亲眼见到了宅博士之父宅在佳，同时也看到了宅博士的小时候。但是超人们不知道的是，与他们一同穿越回来的还有另一个人。在这个世界里，小小怪竟成了大大怪的上司……