その昔、地獄が封印されたという芭羅慈（バラジ）遺跡。その封印が解かれ、この世を地獄へ変える力を持つ閻魔獣ザイゴーグが復活。その力のためにウルトラマンエックスの光が消滅してしまう。大空大地（高橋健介）ら特殊防衛チームXioの隊員と考古学者の玉城ツカサ（吉本多香美）がザイゴーグ封印のカギとなる神秘の石を探索する一方、ツカサの息子?ユウト（高木星来）が奇跡を起こし、ウルトラヒーローが結集する。