一百年前,沙漠城市「荒漠市」因小精灵们的对战而蒙受极大损害。这场对战的开端,源自某只小精灵的存在。然而,那只小精灵遭到某个人封印,如今荒漠市已恢复以往的宁静。小智一行人在旅行途中,遇见了拥有“能拿出所有物品的光环”的幻之小精灵·胡帕,以及负责照顾它的少女·梅雅利。爱捣蛋的胡帕,从那个神奇光环中拿出它最爱的甜甜圈之类的物品,它以拿出各种物品来吓人为乐。天真的胡帕喜欢捣蛋,还称呼小智和皮卡丘为“小知”跟“皮卡”,完全成为好朋友的胡帕和小智一行人,决定一起去旅行。抵达荒漠市的小智一行人,遇到了梅雅利的哥哥·巴尔札。但是,巴尔札的样子似乎怪怪的。仔细一瞧,他手里拿着据称封印了在过去破坏了城市的小精灵的「惩戒之壶」。壶里散发出一般邪恶气息,在历经漫长的岁月后,壶的封印好像被解开了。