在本片中，原本在电视版中只有使东京部分地区毁坏的陨石，改坠落在海洋中，造成海水蒸发，大片海洋消失，气候异常，人类生存受到威胁。更甚者，陨石中夹带的大量的外星生物WORM侵略人类世界，带来破坏和恐慌。人类组成ZECT这个特别武力组织，并且开发出假面骑士系统，对抗有超能力的WORM。
有些原本ZECT的成员不满ZECT的做法，脱离之后另成立Neo-ZECT，与追缉他们的ZECT对抗。
在一次ZECT和Neo-ZECT的对抗中，一个神秘男子天道总司出现在打斗现场，同样有变身成为假面骑士的能力，却不属于任何一个组织，让双方都感到惊讶和困惑。
然后，一个可怕的阴谋，在此时开始悄悄地进行。
