三年前在网络世界被奥米加兽打败的超恶魔兽重生，太一、阿和、阿武、嘉儿再次前往网络世界，亚古兽、加布兽再次进化为奥米加兽，天使兽和天女兽也助阵。但是当奥米加兽打败超恶魔兽时，却是一个巨大的陷阱，超恶魔兽分解为无数个幼年期数码宝贝水母兽，并通过手机、电脑等电子产品进入现实世界，无数的水母兽最后在现实世界形成一个巨大的数码蛋，最后超恶魔兽进化为灭世魔兽出现在现实世界，追随超恶魔兽的奥米加兽也来到现实世界，但是却没能战胜已经进化完全的超恶魔兽，虽然之后帝皇龙甲兽出现了，但依然没能挽回败局。最后，奥米加兽把自己的一些数据传给帝皇龙甲兽，帝皇龙甲兽成为圣骑士状态，终于打败了超恶魔兽。