近第3次冲击过后的第14年，世界依然血红。无数类似EVA01的生命徘徊在补完未完成的世界。NERV分裂，Wille的出现，碇源堂和Seele的计划，如约在行。《死海文书》的预言也到了尽头，新轮回的开始注定源于毁灭。取出卡西乌斯枪和朗基努斯枪，解除14年来的处于莉莉丝周围的结界和封印，成为命运的牵绊：渚熏和碇真嗣，终将驾驶EVA13与生死离别……