这部作品讲述了神龟一行在一次时空旅行中偶然回到了真正的侏罗纪时代！在那里，他们与来自史前的友善的恐龙们相遇，也遭遇了一群来自未来的危险外星人，这群外星人在侏罗纪时代秘密策划着一场邪恶的阴谋…忍者小英雄们快乐地玩耍，最后运用各自擅长的忍术找到了回家的途径！