朝霞映照的海面上,漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——。又是炸弹,地点是京都?舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时,然而,突然之间,响起巨大的声响,舰内回荡起骚动的气氛。不久,发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久,间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋,远远超出了想像、将影响整个日本!