故事主轴延续海洋航空815班机坠毁在荒岛上后的44天，焦点放在生还者和其他人(the Others)的冲突成长，以及科学与信仰之间的冲突。于神秘事物的解决、新问题产生同时，机尾部份的生还者和岛上其他居民等新角色陆续登场。对于生还者们的过去描述也更加深入。随着探查舱口，发现了“达摩计划”(DHARMA)和其背后的支助单位“汉索基金会”（The Hanso Foundation）的详细情形。神秘的“其他人”展开行动，其中一个生还者背叛了大家，也揭发飞机失事的原因。