平凡的小学三年生高町奈叶,发现从异世界米得基鲁达来的尤诺·斯克莱亚受伤而倒下.他来到这个世界的理由.那因为是他挖掘到太古遗产(平行次元中存在的高度科技的文明的遗产)“宝石之源“分散到“这个世界“.知道了这个情况的高町奈叶,成为与尤诺一起收集宝石之源然后封印的魔法少女.最终在时空管理局里工作。