宇宙世纪0087年，地球圈陷入了极度的战乱时代。在这场联邦军菁英组织“迪坦斯”与反地球联邦组织“幽谷”之内战进行的同时，幽谷改由克瓦特罗（夏亚）全权指挥，“从木星回来的男人”希罗克企图将迪坦斯纳为己有，而吉翁军残存势力“阿克西斯”的指导者哈曼．坎恩则誓言复兴“萨比家”。这三股势力为了争夺地球圈的霸权，在复杂的政治与军事策略之情势中，作战舞台移至被改造为巨大雷射炮的宇宙殖民地“格里布斯2”，进入最终的局面。人们的爱情与憎恨在战场上互相交错，蕾柯亚离开了幽谷，加入迪坦斯的希罗克阵营；少女莎拉虽然非常喜爱希罗克，但她也渐渐对幽谷的卡缪等人产生兴趣。众人各自怀着不同的想法，而Z钢弹也在这样的氛围中朝着混乱的战场飞去。后来卡缪终于知道，敢达Z所拥有的力量究竟是为了打倒谁而存在。在这场漫长的战争中，卡缪最后会有什么样的命运呢？