原是生驹屋少主的山冈百介(关俊彦 配音),因着迷于奇闻怪谈而放弃了祖业,成为一个云游四方的作家,收集各种怪谈故事撰写《巷说百物语》。在一个雨夜,他遇到了一个神秘的三人组:擅长骗术的御行师——又市先生(中尾隆圣 配音),擅长操纵玩偶的傀儡师——阿银小姐(小林沙苗 配音)以及擅长鸟寄的模仿师——长耳先生(若本规夫 配音)。他们行踪飘忽,随时出现又随时消失,他们现身之处往往流传着神秘诡异的灵异事件。因缘巧合之下,百介跟随他们进入了黑暗世界中,见证了一系列诡异的事件。而这些怪谈故事,也就为他撰写《百物语》提供了素材。
百介所经历的种种事件中,里面的“鬼怪”往往是日常生活中扭曲的人性所变成的。三人组用他们独有的手段将那些人性罪恶暴露于人前。