新学期开始，莎莎和乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生，过著普通女孩的学校生活。而美波、米波和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。此时在光之园，在激战后受了伤的女王分裂成数个部分，消失在远处。同一时间，莎莎和乃香遭到了萨凯那的袭击。突然，美波和米波苏醒过来，两人使用新的变身器再一次变身成「Pretty Cure」，而且力量也提升了。为了让失去记忆和原本姿态的女王恢复原样，莎莎和乃香，苏醒后力量提升的美波、米波和保伦，将和不可思议的少女，九条光展开新的故事。