在新宿街頭的其中一條後巷，由老闆獨自經營的小食堂，營業時間由深夜0時到早上的7時左右，在門簾上僅僅寫著「めしや」，被常客稱呼為「深夜食堂」。雖然菜單只有少少的幾道菜，但老闆表示，只要自己可以製作的食物都可以叫。故事就以只在深夜營業的這間食堂為舞台，描述主人與客人間的心靈交流。