萌学园之魔法号令全集讲述的是遭受吸血大军与闇黑大帝夹击的萌学园及受创的萌骑士团，逐渐进行校园重整工作，萌骑士团在十之星的陨落後，加上炎之星的出走，萌学园校园里弥漫著极度低靡消沈的气氛，人人自危。在与闇黑大帝交战而受伤的肯豆姬校长该如何重建学生们的信心及如何面对长老会？失去冥月顽石护身的乌克娜娜，该如何生存下去？萌骑士团将何去何从？