不远的将来，世界进入一个高科技时代，人类、生化人和机械共同存在。更厉害的是人类和机械的关系越来越密切，“人类”已经开始忘了自己是人“人类”，人类的器官可以替换成机械，而电子生化人也开始拥有了部分思想。“攻壳机动队”是电脑时代对抗犯罪的特殊行动部门，影片的主人公巴特就是服务于与此一个机械化的人类，在他的大脑中仅留有些许人类的记忆。有一天，一个玩偶机器人杀死了自己的主人，巴特和他的搭档开始了调查，在重重的阻力中逐步的接近真相……